Małe niekodujące RNA w endosymbiotycznej diazotrofie α-proteobacterium Sinorhizobium meliloti -Small non-coding RNAs in the endosymbiotic diazotroph α-proteobacterium Sinorhizobium meliloti

Regiony genomowe zidentyfikowanych genów sRNA S. meliloti . Schematy (narysowane w skali) podsumowują przewidywania bioinformatyczne i wyniki mapowania eksperymentalnego. Geny smr są reprezentowane przez czerwone strzałki, a flankujące ORF przez niebieskie strzałki. Liczby wskazują współrzędne w bazie danych genomu S. meliloti 1021. Oznaczone eksperymentalnie końce 5' i 3' transkryptów Smr są oznaczone numerami. 3'-końce sRNA o zróżnicowanej ekspresji przypisano do ostatniego U w kolejnym odcinku po wydłużonych pętlach łodygi terminatorów niezależnych od Rho, które są oznaczone zielonymi kropkami nad liniami poziomymi. Szary grot strzałki wskazuje miejsce przetwarzania Smr7C.

Postgenomicznych badania wydanego bakteryjnych małych niekodujących RNA (sRNAs) jako głównych graczy w post-transkrypcyjny regulacji ekspresji genów w odpowiedzi na bodźce środowiskowe. Podpodział α Proteobacteria obejmuje drobnoustroje Gram-ujemne o różnych stylach życia; często obejmujące długoterminowe interakcje z wyższymi eukariontami .

Sinorhizobium meliloti

Sinorhizobium meliloti jest istotną agronomicznie α-proteobacterium zdolną do indukowania tworzenia nowych wyspecjalizowanych organów, tak zwanych guzków , w korzeniach swoich pokrewnychżywicieli strączkowych (tj. niektórychgatunków Medicago ). W obrębie komórek brodawkowych bakterie ulegająróżnicowaniu morfologicznemu do bakteroidów , ich endosymbiotycznej, kompetentnej postaci wiążącej azot. Adaptacje Rhizobialne do środowiska gleby i komórek roślinnych wymagają koordynacyjnej ekspresji złożonych sieci genów, w których mają uczestniczyć sRNA.

Odkrycie

Dwa dodatkowe ekrany obliczeniowe, eQRNA i RNAz użyto do poszukiwań nowych sRNA -encoding genów regiony międzygenowe IGR z S. meliloti . Weryfikacja przewidywań eQRNA/RNAz za pomocą hybrydyzacji Northern i mapowania RACE doprowadziła do identyfikacji ośmiu wcześniej nieznanych genów o rozpoznawalnych sygnaturach promotorów i terminacji, wyrażających małe transkrypty. Te nowe loci genomowe nazwano smr , dla RNA S. meliloti . Siedem transkryptów Smr, których konserwacja jest ograniczona do spokrewnionych filogenetycznie α-proteobakterii, akumulowało się w różny sposób w wolno żyjących i endosymbiotycznych bakteriach. Odkrycia te przewidują funkcję tych sRNA jako działających w pozycji trans antysensownych ryboregulatorów oddziaływań α-proteobakterie-eukarionty.

Bibliografia