Tandy Warnow - Tandy Warnow
Tandy Warnow | |
|---|---|
 Tandy Warnow przemawia na konferencji Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) w 2018 roku
| |
| Urodzony | Tandy Jo Warnow |
| Alma Mater | Uniwersytet Kalifornijski, Berkeley (studia licencjackie, doktoranckie) |
| Małżonkowie | Jerzy Chacko |
| Nagrody | |
| Kariera naukowa | |
| Pola |
Informatyka Biologia obliczeniowa Filogenetyka Metagenomika Dopasowanie sekwencji wielokrotnych |
| Instytucje |
University of Illinois na Urbana–Champaign University of Pennsylvania University of Texas |
| Praca dyplomowa | Algorytmy kombinatoryczne do konstruowania drzew filogenetycznych (1991) |
| Doradca doktorski | Eugene Lawler Law |
| Inni doradcy akademiccy |
Michael Waterman Simon Tavare |
| Doktoranci | Luay Nakhleh |
| Stronie internetowej | tandy |
Tandy Warnow jest amerykańskim informatykiem i Grainger Distinguished Chair in Engineering na Uniwersytecie Illinois w Urbana-Champaign . Znana jest z pracy nad rekonstrukcją drzew ewolucyjnych , zarówno w biologii, jak i w lingwistyce historycznej , a także z wielu metod dopasowywania sekwencji.
Biografia
Warnow ukończyła zarówno studia licencjackie, jak i magisterskie z matematyki na Uniwersytecie Kalifornijskim w Berkeley , uzyskując tytuł licencjata w 1984 r. i doktorat w 1991 r. pod kierunkiem Eugene'a Lawlera . Pozostałymi członkami jej komitetu rozprawy byli Richard Karp , Manuel Blum , Dan Gusfield i David Gale .
Badania i kariera
Po stażu podoktorskim na University of Southern California w latach 1991-1992 (promotorzy podoktoranckimi Michael Waterman i Simon Tavare ) oraz w Sandia National Laboratories w Albuquerque w latach 1992-1993 objęła stanowisko wydziałowe na University of Pennsylvania , gdzie pozostała do czasu przeprowadzki w 1999 na University of Texas. W 2014 roku Warnow dołączyła do wydziału University of Illinois w Urbana-Champaign, gdzie jest profesorem założycielem inżynierii i zastępcą kierownika Wydziału Informatyki. Warnow ma spotkania dzięki uprzejmości w wydziałach biologii zwierząt, bioinżynierii, inżynierii elektrycznej i komputerowej, entomologii, matematyki, biologii roślin i statystyki.
W 1995 roku badania Warnowa, Donalda Ringe i Ann Taylor z University of Pennsylvania, oparte na obliczeniach doskonałej filogenezy, dostarczyły wyczerpującej teorii na temat czasu wczesnych podpodziałów w językach indoeuropejskich . Ich obliczenia poparły hipotezę indohetycką, zgodnie z którą pierwszym z tych podpodziałów oddzielonych od pozostałych języków indoeuropejskich były języki anatolijskie . Ich wyniki potwierdzają również hipotezę grecko-ormiańską , zgodnie z którą język ormiański i język grecki tworzą podrodzinę indoeuropejską. Pasują do germańskich języków do ewolucyjnego drzewa języków indoeuropejskich, poprzednio uznawanych problematyczne, hipotezą, że Język pragermański był ściśle związany z języki bałtosłowiańskie ale potem został zmodyfikowany przez zachodzie migracji plemion germańskich, które je prowadziły w kontakcie z użytkownikami języka włoskiego i celtyckiego . To doskonałe podejście do filogenezy zostało później rozszerzone przez Warnowa i współpracowników, aby umożliwić niewykryte zapożyczenia między językami, tak aby ewolucja języka była modelowana za pomocą sieci, a nie drzewa.
W 2009 roku Warnow i jej koledzy wydali oprogramowanie SATé do współszacowania biologicznych dopasowań wielu sekwencji i drzew ewolucyjnych. Ich oprogramowanie opiera się w mniejszym stopniu na solidnych zasadach matematycznych niż niektóre wcześniejsze metody koestymacji (takie jak BAli-Phy), ale jest znacznie szybsze, umożliwiając szybką budowę bardzo dokładnych drzew i wyrównań dla tysięcy gatunków. Dla porównania, powolna wydajność poprzednich metod ograniczała je do porównywania tylko kilkudziesięciu gatunków na raz.
Jej prace z lat 2014-2018 koncentrowały się na trzech tematach: skalowaniu wielu dopasowań sekwencji do bardzo dużych zbiorów danych, szacowaniu drzew gatunkowych przy użyciu wielu genów (oraz zajmowaniu się heterogenicznością drzew genowych z powodu niepełnego sortowania linii ) oraz metagenomice. Jej główny wkład w te tematy obejmuje metodę PASTA do współoszacowania dopasowania i drzew, która poprawia SATé i może generować bardzo dokładne dopasowania do 1 000 000 sekwencji. Opracowała również metodę ASTRAL do szacowania drzew gatunkowych, która jest statystycznie spójną metodą konstruowania drzew gatunkowych w obecności niepełnego sortowania linii.
Nagrody i wyróżnienia
Warnow został mianowany Grainger Distinguished Chair in Engineering w 2020 r. i założycielem profesorem inżynierii w 2014 r. (oba na University of Illinois w Urbana-Champaign) oraz David Bruton Jr. Centennial Professor w dziedzinie informatyki na University of Texas w Austin w 2010. Warnow otrzymał również John Simon Guggenheim Foundation Fellowship w 2011 roku, a Radcliffe Institute Fellowship w 2003 roku Fundacja Davida i Lucile Packard Fellowship w 1996 roku, a Investigator Award NSF Young w roku 1994. w 2015 roku została nazwana Fellow of Association for Computing Machinery (ACM) „Za wkład w teorię matematyczną, algorytmy i oprogramowanie dla wielkoskalowej filogenetyki molekularnej i językoznawstwa historycznego”. W 2017 roku została wybrana na członka Międzynarodowego Towarzystwa Biologii Obliczeniowej (ISCB).
Życie osobiste
Matką Warnowa była znana archiwistka Joan Warnow-Blewett , a jej ojcem był Morton Warnow, syn lidera zespołu Marka Warnowa i bratanek kompozytora Raymonda Scotta . Jej siostrą bliźniaczką jest Kimmen Sjolander , badacz bioinformatyki i pracownik naukowy Uniwersytetu Kalifornijskiego. Jest żoną George'a Chacko.