Ontologia do badań biomedycznych - Ontology for Biomedical Investigations
Ontologia dla Biomedical Investigations ( OBI ) jest open-access , zintegrowany ontologia do opisu badań biologicznych i klinicznych. OBI zapewnia model do projektowania dochodzenia, używane protokoły i oprzyrządowanie, użyte materiały , wygenerowane dane i rodzaj przeprowadzonej analizy . Projekt jest rozwijany jako część OBO Foundry i jako taki przestrzega wszystkich zawartych w nim zasad, takich jak pokrycie ortogonalne (tj. wyraźne odgraniczenie od ontologii innych członków odlewni) i użycie wspólnego języka formalnego. W OBI powszechnie używanym językiem formalnym jest Język Ontologii Sieciowej (OWL). Od marca 2008 roku w repozytorium SVN projektu udostępniono przedpremierową wersję ontologii .
Zakres
Ontologia badań biomedycznych (OBI) zajmuje się potrzebą słowników kontrolowanych w celu wspierania integracji i wspólnej („cross-omics”) analizy danych eksperymentalnych, potrzeby pierwotnie zidentyfikowanej w dziedzinie transkryptomiki przez Towarzystwo FGED , które opracowało Ontologię MGED jako zasób adnotacji dla danych mikromacierzy. Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W i in. (listopad 2007). „Odlewnia OBO: skoordynowana ewolucja ontologii w celu wsparcia integracji danych biomedycznych” . Biotechnologia przyrodnicza . 25 (11): 1251–5. doi : 10.1038/nbt1346 . PMC 2814061 . PMID 17989687 .OBI używa podstawowej ontologii formalnej ontologii wyższego poziomu jako środka opisu ogólnych bytów, które nie należą do określonej dziedziny problemowej. W związku z tym wszystkie klasy OBI są podklasą pewnej klasy BFO.
Ontologia ma zakres modelowania wszystkich badań biomedycznych i jako taka zawiera terminy ontologiczne dla takich aspektów jak:
- materiał biologiczny – np. osocze krwi
- instrument (i jego części) – na przykład mikromacierz DNA , wirówka
- treści informacyjne – takie jak obraz lub jednostka informacji cyfrowej, taka jak elektroniczna dokumentacja medyczna
- zaprojektowanie i wykonanie badania (a także poszczególnych eksperymentów w nim) – np. projekt badań , rozdzielanie materiału elektroforetycznego
- transformacja danych (obejmująca takie aspekty jak normalizacja danych i analiza danych) – na przykład analiza głównych składowych redukcja wymiarowości, obliczanie średniej
Mniej „konkretne” aspekty, takie jak rola, jaką dana jednostka może pełnić w konkretnym scenariuszu (na przykład rola związku chemicznego w eksperymencie) i funkcja jednostki (na przykład funkcja trawienia żołądka w celu odżywienia organizmu ) są również objęte ontologią.
Konsorcjum OBI
Ontologia MGED została pierwotnie zidentyfikowana w dziedzinie transkryptomiki przez Towarzystwo FGED i została opracowana w celu zaspokojenia potrzeb integracji danych. Po wspólnej decyzji o współpracy, wysiłek ten stał się później szerszą współpracą między grupami, takimi jak FGED, PSI i MSI, w odpowiedzi na potrzeby obszarów takich jak transkryptomika, proteomika i metabolomika oraz utworzono FuGO (Functional Genomics Investigation Ontology). To później stało się OBI obejmującym szerszy zakres wszystkich badań biomedycznych.
Jako międzynarodowa, międzydziedzinowa inicjatywa, konsorcjum OBI korzysta z puli ekspertów z różnych dziedzin, nie tylko z biologii. Aktualna lista członków konsorcjum OBI dostępna jest na stronie konsorcjum OBI. Konsorcjum składa się z komitetu koordynującego, który jest połączeniem dwóch podgrup, Przedstawiciela Społeczności (tych reprezentujących konkretną społeczność biomedyczną) oraz Głównych Programistów (twórców ontologii, którzy mogą, ale nie muszą, być członkami jednej społeczności). Oddzielna od komitetu koordynacyjnego jest Grupa Robocza Deweloperów, która składa się z deweloperów w społecznościach współpracujących przy rozwoju OBI według uznania obecnych członków Konsorcjum OBI.
Artykuły na OBI
- Brinkman RR, Courtot M, Derom D, Fostel JM, He Y, Lord P i in. (czerwiec 2010). "Modelowanie biomedycznych procesów eksperymentalnych za pomocą OBI" . Czasopismo Semantyki Biomedycznej . 1 Suplement 1: S7. doi : 10.1186/2041-1480-1-S1-S7 . PMC 2903726 . PMID 20626927 .
- Courtot M, Bug WJ, Gibson F, Lister AL, Malone J, Schober D, Brinkman RR, Ruttenberg A (1 stycznia 2008). SOWA Badań Biomedycznych . Obrady Piątego Warsztatu Sowy o Sowie: Doświadczenia i Kierunki. P. 432. CiteSeerX 10.1.1.142.9206 .
- Zheng J, Manduchi E, Stoeckert Jr CJ (7 lipca 2013). „Opracowanie ontologii aplikacji dla genomiki komórek beta w oparciu o ontologię do badań biomedycznych” (PDF) . ICBO : 62-67.
- Dumontier M, Baker CJ, Baran J, Callahan A, Chepelev L, Cruz-Toledo J, et al. (Marzec 2014). „Semanticscience Integrated Ontology (SIO) do badań biomedycznych i odkrywania wiedzy” . Czasopismo Semantyki Biomedycznej . 5 (1): 14. doi : 10.1186/2041-1480-5-14 . PMC 4015691 . PMID 24602174 .
- Klingström T, Soldatova L, Stevens R, Roos TE, Swertz MA, Müller KM, et al. (Styczeń 2013). „Warsztaty na temat standardów protokołów laboratoryjnych dla Bazy Danych Metod Molekularnych”. Nowa biotechnologia . 30 (2): 109–13. doi : 10.1016/j.nbt.2012.05.019 . PMID 22687389 .
- Soldatova LN, King RD, Basu PS, Haddi E, Saunders N (październik 2013). „Reprezentacja protokołów biomedycznych”. Dziennik EMBnet . 19 (B): 56-8. doi : 10.14806/ej.19.B.730 .