Inicjatywa w zakresie biologii systemów Nowej Południowej Walii - New South Wales Systems Biology Initiative
Nowa Południowa Walia Systems Biology Initiative , w reżyserii Marca Wilkins jest obiektem typu non-profit w ramach Szkoły Biotechnologii i Nauk biomolekularnej na University of New South Wales . Skupiają się na podejmowaniu podstawowych i stosowanych badań w zakresie rozwoju i zastosowania bioinformatyki w genomice i proteomice .
Badania przeprowadzone w ramach Inicjatywy Biologii Systemów
Badacze w placówce pracują obecnie nad następującymi projektami:
Metylacja w proteomie Saccharomyces cerevisiae
Modyfikacje wywołują warunkowe efekty na białkach , przy czym ich kowalencyjne przyłączenie do aminokwasów spowoduje zaburzenie określonego białka, co wpłynie na potencjalne interakcje jego nowo zmodyfikowanej formy. Metylacja jest jedną z najlepiej rozpoznawanych potranslacyjnych modyfikacji histonów pod względem struktury chromatyny i ekspresji genów. Jest to również jedna z wielu modyfikacji występujących na krótkich N-końcowych regionach histonów, które gromadzą się, tworząc kod histonowy, który reguluje montaż chromatyny i regulację genów epigenetycznych. Identyfikacja metylacji w interakcjomie jest słabo udokumentowana. Naukowcy z Inicjatywy Biologii Systemowej identyfikowali techniki identyfikacji nowych metylowanych reszt lizyny i argininy za pomocą spektrometrii mas i odcisków palców mas peptydów. Obecnie naukowcy są w trakcie wykorzystywania tych technik do identyfikacji nowych metylowanych reszt w interakcjomie Saccharomyces cerevisiae .
Separacja i identyfikacja kompleksów białkowych
Analiza kompleksów białkowych na dużą skalę stanowi wyłaniającą się trudność jako metody frakcjonowania kompleksów białkowych, które nie są zgodne z późniejszymi technikami proteomicznymi. Inicjatywa Biologii Systemów wykorzystuje technikę niebieskiej natywnej ciągłej elektroforezy elucyjnej (BN-CEE). Metoda ta generuje frakcje w fazie ciekłej kompleksów białkowych. Powstałe kompleksy można dalej analizować za pomocą elektroforezy w żelu poliakryloamidowym i spektrometrii mas. Pomoże to zidentyfikować białka składowe wielu kompleksów. Obecnie naukowcy stosują tę technikę na lizacie komórkowym Saccharomyces cerevisiae .
Wizualizacja białek, kompleksów i sieci interakcji
Integrację danych biologicznych, w tym struktur białek, interakcji itp., Można wygenerować za pomocą zautomatyzowanej technologii. Znaczenie takich danych często może zostać utracone bez odpowiedniej wizualizacji danych. Inicjatywa Biologii Systemów pracuje obecnie nad adaptacją systemu wizualizacji Skyrails. Ten system, zwany interactonium, wykorzystuje wirtualną komórkę do wizualizacji sieci interakcji, kompleksów białkowych i trójwymiarowych struktur białek Saccharomyces cerevisiae . Narzędzie może wyświetlać złożone sieci do 40 000 białek lub 6000 kompleksów wielobiałkowych. Interactorium umożliwia wielopoziomowe oglądanie biologii molekularnej komórki. Interactorium jest dostępne do pobrania.