Podtypy HIV - Subtypes of HIV

Ludzkie wirusy niedoboru odporności
Drzewo filogenetyczne wirusów SIV i HIV
Drzewo filogenetyczne z SIV i HIV wirusów
Klasyfikacja naukowaEdytuj tę klasyfikację
(bez rankingu): Wirus
Królestwo : Rybowiria
Królestwo: Pararnavirae
Gromada: Artverviricota
Klasa: Revtraviricetes
Zamówienie: Ortervirale
Rodzina: Retroviridae
Podrodzina: Orthoretrovirinae
Rodzaj: lentiwirus
Uwzględnione grupy
Taksony objęte kladystycznie, ale tradycyjnie wykluczone

Jedną z przeszkód w leczeniu ludzkiego wirusa niedoboru odporności (HIV) jest jego duża zmienność genetyczna. HIV można podzielić na dwa główne typy, HIV typu 1 (HIV-1) i HIV typu 2 (HIV-2). HIV-1 jest spokrewniony z wirusami występującymi u szympansów i goryli żyjących w zachodniej Afryce, podczas gdy wirusy HIV-2 są spokrewnione z wirusami występującymi w sadzy mangabey , wrażliwym naczelnym zachodnioafrykańskim. Wirusy HIV-1 można dalej podzielić na grupy. Wirusy HIV-1 grupy M dominują i są odpowiedzialne za pandemię AIDS. Grupę M można dalej podzielić na podtypy w oparciu o dane sekwencji genetycznej. Wiadomo, że niektóre podtypy są bardziej zjadliwe lub oporne na różne leki. Podobnie, uważa się, że wirusy HIV-2 są mniej zjadliwe i zakaźne niż wirusy z grupy M HIV-1, chociaż wiadomo również, że HIV-2 powoduje AIDS.

Główne typy

HIV-1

HIV-1 jest najczęstszym i najbardziej patogennym szczepem wirusa. Rocznie dochodzi do ponad 2 milionów takich infekcji. Naukowcy dzielą HIV-1 na główną grupę (Grupa M) i dwie lub więcej mniejszych grup, mianowicie Grupę N, O i prawdopodobnie grupę P. Uważa się, że każda grupa reprezentuje niezależną transmisję SIV na ludzi (ale podtypy w ramach grupy nie są). Łącznie 39 ORF znajduje się we wszystkich sześciu możliwych ramkach odczytu (RF) pełnej sekwencji genomu HIV-1, ale tylko kilka z nich jest funkcjonalnych.

Grupa M

„M” oznacza „poważny”, jest to zdecydowanie najczęstszy typ HIV, przy czym ponad 90% przypadków HIV/AIDS wynika z zakażenia wirusem HIV-1 z grupy M. Ten główny wirus HIV, który był źródłem predyspozycji Wirusy pandemiczne z lat 1960 pojawiły się w latach 20. XX wieku w Léopoldville w Kongo Belgijskim , dziś znanym jako Kinszasa, które jest obecnie stolicą Demokratycznej Republiki Konga (DRK). Jego odzwierzęce pochodzenie to SIVcpz, który zaraża szympansy. Grupa M dzieli się dalej na klady, zwane podtypami, które również otrzymują literę. Istnieją również „krążące formy rekombinowane” lub CRF pochodzące z rekombinacji między wirusami różnych podtypów, którym każdemu nadano numer. Na przykład CRF12_BF jest rekombinacją między podtypami B i F.

  • Podtyp A jest powszechny we wschodniej Afryce.
  • Podtyp B jest formą dominującą w Europie, obu Amerykach, Japonii i Australii. Ponadto podtyp B jest najczęstszą postacią na Bliskim Wschodzie iw Afryce Północnej. Być może został wywieziony z Afryki, gdy haitańscy profesjonaliści odwiedzili Kinszasę w latach 60. XX wieku i przywieźli go na Haiti w 1964 roku.
  • Podtyp C jest formą dominującą w Afryce Południowej, Afryce Wschodniej, Indiach, Nepalu i częściach Chin.
  • Podtyp D występuje na ogół tylko w Afryce Wschodniej i Środkowej.
  • Podtyp E występuje w Azji Południowo-Wschodniej, która jest formą dominującą wśród heteroseksualistów, ponieważ wskaźnik transmisji jest znacznie wyższy niż w przypadku większości innych podtypów.
  • Podtyp F został znaleziony w Afryce Środkowej, Ameryce Południowej i Europie Wschodniej.
  • Podtyp G (oraz CRF02_AG) znaleziono w Afryce i Europie Środkowej.
  • Podtyp H ogranicza się do Afryki Środkowej.
  • Podtyp I był pierwotnie używany do opisania szczepu, który jest obecnie określany jako CRF04_cpx, gdzie cpx oznacza „złożoną” rekombinację kilku podtypów.
  • Podtyp J występuje głównie w Afryce Północnej, Środkowej i Zachodniej oraz na Karaibach
  • Podtyp K jest ograniczony do Demokratycznej Republiki Konga (DRK) i Kamerunu.
  • Podtyp L jest ograniczony do Demokratycznej Republiki Konga (DRK).

Przestrzenny ruch tych podtypów przebiegał wzdłuż linii kolejowych i wodnych Demokratycznej Republiki Konga (DRK) z Kinszasy do tych innych obszarów. Te podtypy są czasami dalej dzielone na podtypy, takie jak A1 i A2 lub F1 i F2. W 2015 r. stwierdzono, że szczep CRF19 , rekombinant podtypu A, podtypu D i podtypu G, z proteazą podtypu D , jest silnie związany z szybką progresją do AIDS na Kubie . Uważa się, że nie jest to pełna ani ostateczna lista, a prawdopodobnie zostaną znalezione dalsze typy.

Rozpowszechnienie podtypu HIV-1 w 2002 r.

Grupa N

„N” oznacza „nie-M, nie-O”. Grupa ta została odkryta przez zespół francusko-kameruński w 1998 roku, kiedy zidentyfikował i wyizolował szczep wariantowy HIV-1, YBF380, od kobiety z Kamerunu, która zmarła na AIDS w 1995 roku. SIVcpz zamiast z grupy M lub grupy O, co wskazuje, że rzeczywiście był to nowy szczep HIV-1. Do 2015 r. odnotowano mniej niż 20 infekcji z grupy N.

Grupa O

Grupa O („Outlier”) zainfekowała około 100 000 osób zlokalizowanych w Afryce Zachodnio-Środkowej i zwykle nie jest widywana poza tym obszarem. Podobno najczęściej występuje w Kamerunie, gdzie badanie z 1997 r. wykazało, że około 2% próbek zakażonych wirusem HIV pochodziło z grupy O. Jego zoonotyczne pochodzenie to SIVgor, który zaraża goryle (zamiast bardziej powszechnego źródła, SIVcpz). Grupa wywołała pewne zaniepokojenie, ponieważ nie mogła zostać wykryta przez wczesne wersje testów na HIV-1. Obecnie opracowano bardziej zaawansowane testy na obecność wirusa HIV w celu wykrycia zarówno grupy O, jak i grupy N.

Grupa P

W 2009 roku doniesiono, że nowo przeanalizowana sekwencja HIV ma większe podobieństwo do małpiego wirusa niedoboru odporności niedawno odkrytego u dzikich goryli (SIVgor) niż do SIV od szympansów (SIVcpz). Wirus został wyizolowany od Kamerunki mieszkającej we Francji, u której w 2004 r. zdiagnozowano zakażenie HIV-1. Naukowcy zgłaszający tę sekwencję umieścili go w proponowanej Grupie P „w oczekiwaniu na identyfikację dalszych przypadków u ludzi”.

HIV-2

HIV-2 nie jest powszechnie rozpoznawany poza Afryką. Pierwsza identyfikacja HIV-2 miała miejsce w 1985 roku w Senegalu przez mikrobiologa Souleymane'a Mboupa i jego współpracowników. Pierwszy przypadek w Stanach Zjednoczonych miał miejsce w 1987 roku. Pierwszym potwierdzonym przypadkiem HIV-2 był Portugalczyk, który był leczony w Londyńskim Szpitalu Chorób Tropikalnych, a później zmarł w 1978 roku. Gwinea Bissau, gdzie mieszkał w latach 1956-1966. Jego diagnozą patologiczną w tym czasie było zakażenie kryptosporidium i enterowirusem, ale analiza jego przechowywanej surowicy w 1987 r. wykazała, że ​​był zarażony wirusem HIV-2.

Wiele testów na HIV-1 wykrywa również HIV-2.

Od 2010 r. istnieje osiem znanych grup HIV-2 (od A do H). Spośród nich tylko grupy A i B są pandemiczne. Grupa A występuje głównie w Afryce Zachodniej, ale rozprzestrzeniła się również na całym świecie do Angoli , Mozambiku , Brazylii, Indii, Europy i USA. Pomimo obecności wirusa HIV-2 na całym świecie, grupa B ogranicza się głównie do Afryki Zachodniej. Pomimo względnego ograniczenia, HIV-2 należy rozważyć u wszystkich pacjentów wykazujących objawy HIV, które nie tylko pochodzą z Afryki Zachodniej, ale także u każdego, kto przeszedł jakikolwiek transfer płynów ustrojowych z osobą z Afryki Zachodniej (tj. dzielenie się igłami, kontakt seksualny, itp.).

HIV-2 jest blisko spokrewniony z małpim wirusem niedoboru odporności, który występuje endemicznie u sadzowatych ( Cercocebus atys atys ) (SIVsmm), gatunku małp zamieszkującego lasy przybrzeżnej Afryki Zachodniej. Analizy filogenetyczne pokazują, że wirusem najbliżej spokrewnionym z dwoma szczepami HIV-2, które rozprzestrzeniają się znacznie u ludzi (grupy A i B HIV-2), jest SIVsmm znaleziony w sadzach mangabey w lesie Tai, na zachodnim Wybrzeżu Kości Słoniowej .

Istnieje sześć dodatkowych znanych grup HIV-2, z których każda została znaleziona tylko u jednej osoby. Wszystkie wydają się pochodzić z niezależnych transmisji z sadzy mangabey na ludzi. Grupy C i D wykryto u dwóch osób z Liberii , grupy E i F u dwóch osób z Sierra Leone , a grupy G i H u dwóch osób z Wybrzeża Kości Słoniowej. Każdy z tych szczepów HIV-2, dla których ludzie są prawdopodobnie ślepymi nosicielami , jest najbliżej spokrewniony ze szczepami SIVsmm z mangabey żyjących w tym samym kraju, w którym stwierdzono ludzką infekcję.

Diagnoza

Diagnozę HIV-2 można postawić, gdy pacjent nie ma żadnych objawów, ale dodatni wynik badania krwi wskazujący na obecność wirusa HIV. Szybki test Multispot HIV-1/HIV-2 jest obecnie jedyną zatwierdzoną przez FDA metodą takiego rozróżniania między tymi dwoma wirusami. Zalecenia dotyczące badań przesiewowych i diagnozowania HIV zawsze polegały na stosowaniu testów immunoenzymatycznych, które wykrywają HIV-1, HIV-1 grupa O i HIV-2. W przypadku badania przesiewowego kombinacji, jeśli wynik testu jest dodatni, a następnie nieokreślony western blot HIV-1 , należy przeprowadzić badanie uzupełniające, takie jak badanie aminokwasów , aby odróżnić obecne zakażenie. Według NIH, diagnostykę różnicową HIV-2 należy rozważyć, gdy osoba jest pochodzenia zachodnioafrykańskiego lub miała kontakt seksualny lub używała z taką osobą igieł. Afryka Zachodnia jest najbardziej zagrożona, ponieważ jest źródłem wirusa.

Zabiegi

Stwierdzono, że HIV-2 jest mniej patogenny niż HIV-1. Mechanizm HIV-2 nie jest jasno określony, podobnie jak różnica w stosunku do HIV-1, jednak wskaźnik przenoszenia jest znacznie niższy w przypadku HIV-2 niż HIV-1. Obie infekcje mogą prowadzić do AIDS u dotkniętych osób i obie mogą mutować, aby rozwinąć lekooporność. Monitorowanie choroby u pacjentów z HIV-2 obejmuje ocenę kliniczną i liczbę komórek CD4, podczas gdy leczenie obejmuje terapię antyretrowirusową (ART), nukleozydowe inhibitory odwrotnej transkryptazy (NRTI), inhibitory proteazy (PI) i nienukleozydowe inhibitory odwrotnej transkryptazy (NNRTI) ) z dodatkiem antagonistów koreceptora CCR5 i inhibitorów fuzji .

Wybór początkowej i/lub drugiej linii leczenia HIV-2 nie został jeszcze określony. Wydaje się, że HIV-2 jest z natury oporny na NNRTI, ale może być wrażliwy na NRTI, chociaż mechanizm jest słabo poznany. Inhibitory proteazy wykazują zmienne działanie, podczas gdy inhibitory integrazy są również oceniane. Badane są również schematy skojarzone wyżej wymienionych terapii, które również wykazują zmienny efekt w zależności od rodzaju łączonych terapii. Chociaż mechanizmy nie są jasno zrozumiane dla HIV-1 i HIV-2, wiadomo, że wykorzystują one różne ścieżki i wzorce, co sprawia, że ​​algorytmy stosowane do oceny mutacji związanych z opornością na HIV-1 nie mają znaczenia dla HIV-2.

Każdy wirus może być zakontraktowany indywidualnie lub razem, co określa się mianem koinfekcji. Wydaje się, że HIV-2 ma niższą śmiertelność, mniej nasilone objawy i wolniejszy progresję do AIDS niż sam HIV-1 lub współzakażenie. Jednak w przypadku koinfekcji zależy to w dużej mierze od tego, który wirus został zarażony jako pierwszy. HIV-1 ma tendencję do konkurowania z HIV-2 o postęp choroby. W miarę upływu czasu koinfekcje wydają się rosnącym problemem na całym świecie, przy czym większość przypadków zidentyfikowano w krajach Afryki Zachodniej, a niektóre przypadki w USA.

Ciąża

Jeśli ciężarna matka zostanie narażona, badanie przesiewowe przeprowadza się normalnie. W przypadku obecności wirusa HIV-2 można profilaktycznie podać szereg leków ART w okresie okołoporodowym w celu zmniejszenia ryzyka przeniesienia zakażenia z matki na dziecko. Po urodzeniu dziecka należy rozpocząć standardowy sześciotygodniowy schemat tych profilaktyki. Mleko matki może również zawierać cząsteczki wirusa HIV-2; dlatego surowo odradza się karmienie piersią.

Ewolucja

Gwałtowną ewolucję wirusa HIV można przypisać wysokiemu wskaźnikowi mutacji. We wczesnych stadiach mutacji ewolucja wydaje się być neutralna ze względu na brak reakcji ewolucyjnej. Jednak badając wirusa u kilku różnych osobników, można znaleźć zbieżne mutacje pojawiające się niezależnie w tych populacjach wirusów.

Ewolucja wirusa HIV w gospodarzu wpływa na czynniki, w tym na ustalony poziom wiremii wirusa . Jeśli wirus ma niską określoną liczbę wirusów, gospodarz będzie żył dłużej i istnieje większe prawdopodobieństwo, że wirus zostanie przeniesiony na inną osobę. Jeśli wirus ma wysokie ustalone miano wirusa, gospodarz będzie żył krócej i istnieje mniejsze prawdopodobieństwo, że wirus zostanie przeniesiony na innego osobnika. HIV ewoluował, aby zmaksymalizować liczbę infekcji u innych gospodarzy, a ta tendencja do selekcji faworyzującej szczepy pośrednie pokazuje, że HIV podlega selekcji stabilizującej.

Wirus ewoluował również, aby stać się bardziej zakaźnym między gospodarzami. Istnieją trzy różne mechanizmy, które umożliwiają rozwój HIV na poziomie populacji. Jednym z nich jest ciągła walka o ewolucję i pokonanie układu odpornościowego, który spowalnia ewolucję wirusa HIV i przenosi uwagę wirusa na poziom populacji. Inne obejmuje powolną ewolucję obciążenia wirusem z powodu mutacji obciążenia wirusem, które są obojętne w gospodarzu. Ostatni mechanizm skupia się na preferencjach wirusa do przenoszenia założycielskich szczepów wirusowych przechowywanych we wczesnych stadiach infekcji. Ta preferencja wirusa do przekazywania przechowywanych kopii genomu wyjaśnia, dlaczego HIV ewoluuje szybciej w obrębie gospodarza niż między gospodarzami.

HIV ewoluuje do łagodniejszej postaci, ale jest „strasznie daleka” od tego, by przestał być śmiertelny.

Mutacje lekooporne

Izolaty HIV-1 i HIV-2 z opornością na leki antyretrowirusowe powstają w wyniku naturalnej selekcji i mutacji genetycznych, które zostały prześledzone i przeanalizowane. The Stanford HIV Drug Resistance Database i International AIDS Society publikują listy najważniejszych z nich; W pierwszym roku wymieniono 80 powszechnych mutacji, a w ostatnim roku 93 powszechne mutacje i udostępniono za pośrednictwem Stanford HIV RT and Protease Sequence Database .

Zobacz też

Bibliografia

Zewnętrzne linki