Getafe B zostało założone w tym samym czasie co pierwsza drużyna , w 1983 roku, osiągając po raz pierwszy czwartą ligę 11 lat później i spadając z ligi już po jednym sezonie. W 1998 roku powrócił ponownie do kategorii, trwając trzy lata i nigdy nie zajmując miejsca powyżej 14. miejsca.
W kampanii 2004-05 , gdy główna drużyna po raz pierwszy pojawiła się w La Liga , rezerwy wróciły na czwarty poziom, by w kolejnych latach ustabilizować się w tej dywizji. W 2010 roku , po dwóch nieudanych wizytach w playoffach, klub po raz pierwszy awansował na trzeci poziom . W pierwszym sezonie klub osiągnął 7 miejsce na 20 drużyn. Sezon 2011-12 był nieco gorszy, gdy Getafe B zakończył na 8. pozycji. W sezonie 2018-19 Getafe B został mistrzem Tercera División, Grupa 7. Początek sezonu w Segunda División B był trudny, gdyż klub wygrał zaledwie 4 z pierwszych 14 meczów.
Getafe B organizuje mecze u siebie w Ciudad Deportiva de Getafe , który może pomieścić 1500 widzów. Znajduje się w sąsiedztwie Koloseum Alfonso Pérez , terenu pierwszego zespołu.
