COPASI - COPASI
| Pierwsze wydanie | 11 października 2004 |
|---|---|
| Wersja stabilna | 4.25 (kompilacja 207) / 15 marca 2019
|
| Magazyn |
|
| Napisane w | C++ |
| System operacyjny | Linux , macOS i Microsoft Windows |
| Platforma | Qt |
| Licencja | Licencja artystyczna |
| Stronie internetowej | copasi.org |
COPASI (COmplex PAthway SImulator) to oprogramowanie typu open source do tworzenia i rozwiązywania modeli matematycznych procesów biologicznych, takich jak sieci metaboliczne, szlaki sygnalizacji komórkowej, sieci regulacyjne, choroby zakaźne i wiele innych.
Historia
COPASI opiera się na oprogramowaniu symulacyjnym Gepasi, które zostało opracowane na początku lat 90. przez Pedro Mendesa . Wstępny rozwój COPASI został sfinansowany przez Virginia Bioinformatics Institute i Klaus Tschira Foundation . Bieżące wysiłki rozwojowe wspierane są dotacjami z Narodowych Instytutów Zdrowia , BBSRC i niemieckiego Ministerstwa Edukacji.
Zespół programistów
COPASI jest wynikiem międzynarodowej współpracy między University of Manchester (Wielka Brytania), University of Heidelberg (Niemcy) i Virginia Bioinformatics Institute (USA). Głównymi badaczami projektu są Pedro Mendes i Ursula Kummer. Głównymi architektami oprogramowania są Stefan Hoops i Sven Sahle.
Cechy
COPASI zawiera funkcje do definiowania modeli procesów biologicznych, symulowania i analizowania tych modeli, generowania raportów z analiz oraz importowania/eksportowania modeli w formacie SBML .
- Definicja modelu : Modele definiuje się jako reakcje chemiczne między cząsteczkami. Dynamikę modelu określa prawo Rate związane z poszczególnymi reakcjami. Modele mogą również zawierać przedziały, zdarzenia i inne zmienne globalne, które mogą pomóc określić dynamikę systemu.
- Zadania : zadania to różne rodzaje analiz, które można przeprowadzić na modelu. Obejmują one analizę stanu stacjonarnego , analizę stechiometrycznej , w czasie symulacji oczywiście za deterministyczne i stochastyczne algorytmy symulacyjne, metaboliczną analizę sterowania , obliczenie Lapunowa wykładnik , rozdzielanie skali czasowej skanów parametrów, optymalizacji i estymacji parametrów.
- Importowanie i eksportowanie : COPASI może odczytywać modele w formacie SBML , a także w formacie Gepasi. COPASI może pisać modele w kilku różnych formatach, w tym SBML , kod źródłowy w języku programowania C , pliki Berkeley Madonna i pliki XPPAUT .