BioPAX - BioPAX
BioPAX (Biological Pathway Exchange) to oparty na RDF / OWL język standardowy do reprezentowania biologicznych szlaków na poziomie molekularnym i komórkowym. Jego głównym zastosowaniem jest ułatwienie wymiany danych dotyczących szlaków. Dane szlaku pozwalają nam zrozumieć procesy biologiczne, ale ich szybki wzrost wymaga opracowania baz danych i narzędzi obliczeniowych, które ułatwiają interpretację. Jednak obecna fragmentacja informacji o ścieżkach w wielu bazach danych o niekompatybilnych formatach stanowi przeszkody w ich efektywnym wykorzystaniu. BioPAX rozwiązuje ten problem, znacznie ułatwiając gromadzenie, indeksowanie, interpretowanie i udostępnianie danych dotyczących szlaków. BioPAX może reprezentować szlaki metaboliczne i sygnalizacyjne, interakcje molekularne i genetyczne oraz sieci regulacji genów. BioPAX powstał w wyniku procesu społecznościowego. Dzięki BioPAX dostępne są miliony interakcji zorganizowanych w tysiące ścieżek w wielu organizmach, z coraz większej liczby źródeł. W związku z tym duże ilości danych dotyczących szlaków są dostępne w obliczalnej formie, aby wspierać wizualizację, analizę i odkrycia biologiczne.
Jest obsługiwany przez różne internetowe bazy danych (np. Reactome ) i narzędzia. Najnowsza wydana wersja to BioPAX Level 3. Podejmowane są również próby stworzenia wersji BioPAX w ramach OBO .
Zarządzanie i rozwój
Następna wersja BioPAX, poziom 4, jest opracowywana przez społeczność naukowców. Rozwój jest koordynowany przez zarząd redaktorów i wspomagany przez różne grupy robocze BioPAX.
System Biology Pathway Exchange (SBPAX) to rozszerzenie poziomu 3 i propozycja poziomu 4 w celu dodania danych ilościowych i terminów z zakresu biologii systemów (takich jak ontologia biologii systemów ). Eksport SBPAX został zaimplementowany przez bazy danych ścieżek Signaling Gateway Molecule Pages i SABIO-Reaction Kinetics Database . Import SBPAX został zaimplementowany przez szkielet modelowania komórkowego Virtual Cell .
Inne propozycje dla poziomu 4 obejmują ulepszoną obsługę sieci semantycznej , walidację i wizualizację.
Bazy danych z BioPAX Export
Internetowe bazy danych oferujące eksport BioPAX obejmują:
- Sygnalizacja stron molekuł bramy (SGMP)
- Reactome
- BioCyc
- INOH
- BioModels
- Baza danych interakcji Natura / NCI Pathway
- Mapa komórek rakowych
- Pathway Commons
- Netpath - wyselekcjonowany zasób szlaków transdukcji sygnału u ludzi
- ConsensusPathDB - baza danych integrująca sieci interakcji funkcjonalnych człowieka
- PANTHER ( lista ścieżek )
- WikiPathways
- PharmGKB / PharmGKB *
Oprogramowanie
Oprogramowanie obsługujące BioPAX obejmuje:
- Paxtools , Java API do obsługi plików BioPAX
- Systems Biology Linker (Sybil) , aplikacja do wizualizacji BioPAX i konwersji BioPAX na SBML , jako część Virtual Cell .
- ChiBE (Chisio BioPAX Editor), aplikacja do wizualizacji i edycji BioPAX.
- BioPAX Validator - reguły składniowe i semantyczne oraz najlepsze praktyki ( wiki projektu )
- Cytoscape zawiera czytnik BioPAX i inne rozszerzenia, takie jak wtyczka PathwayCommons i aplikacja CyPath2.
- BiNoM , wtyczka cytoscape do analizy sieci, z funkcjami do importowania i eksportowania plików BioPAX poziomu 3.
- BioPAX-pattern , interfejs API języka Java do definiowania i wyszukiwania wzorców wykresów w plikach BioPAX.