W listopadzie 2011 roku AFC zatwierdziła następujące przydziały miejsc do siedzenia w Pucharze AFC 2012. Cztery federacje (Jemen, Malezja, Malediwy, Birma) z najniższymi punktami według systemu oceny AFC mają jeden zespół wchodzący do fazy grupowej i jeden drużyna wchodząca do play-off.
W odróżnieniu od poprzednich sezonów, w których przegrani półfinałowej rundy kwalifikacyjnej Ligi Mistrzów AFC również weszli do Pucharu AFC, od 2012 r. do Pucharu AFC dołączyli tylko przegrani z finałowej rundy kwalifikacyjnej Ligi Mistrzów AFC.
B Kuwejt ma trzy drużyny, które występują jako Al-Kuwait ,wicemistrzowie AFC Cup 2011 nie spełnili kryteriów określonych przez AFC, aby wziąć udział w Lidze Mistrzów AFC 2012, a tym samym bezpośrednio weszli do Pucharu AFC 2012.
C Bahrain , chociaż uprawniony do wzięcia udziału w Pucharze AFC, zdecydował się nie uczestniczyć w 2012 roku.
G Po wycofaniu się Liaoning Whowin i dyskwalifikacji Persipury Jayapury zkwalifikacyjnego barażu Ligi Mistrzów 2012 AFC w Strefie Azji Wschodniej pozostały tylko trzy drużyny, co oznacza, że tylko jeden przegrany w rundzie finałowej wejdzie do Pucharu AFC w strefie Azji Wschodniej zamiast dwa. W rezultacie w strefie Azji Wschodniej nie było potrzeby kwalifikacyjnego barażu, a obaj drudzy reprezentanci Malezji ( Terengganu ) i Myanmaru ( Ayeyawady United ), którzy pierwotnie mieli wejść do barażu kwalifikacyjnego Pucharu AFC, automatycznie awansowali do faza grupowa. Persipura Jayapura została później tymczasowo przywrócona do Ligi Mistrzów AFC 2012, ale AFC zdecydowała, że przegrany meczu kwalifikacyjnego pomiędzy Adelaide United i Persipura Jayapura nie awansuje do fazy grupowej AFC Cup 2012.
Losowanie fazy grupowej odbyło się w Kuala Lumpur w Malezji 6 grudnia 2011 roku. Kluby z tego samego kraju nie mogą brać udziału w tej samej grupie. Do fazy pucharowej awansowali zwycięzcy i wicemistrzowie każdej z grup .
Pojedynki do 1/8 finału zostały ustalone na podstawie wyników z fazy grupowej. Każdy remis był rozgrywany jako jeden mecz, którego gospodarzem byli zwycięzcy każdej grupy ( Drużyna 1 ) z wicemistrzami innej grupy ( Drużyna 2 ).
Losowanie ćwierćfinałów, półfinałów i finałów odbyło się w Kuala Lumpur w Malezji 14 czerwca 2012 roku. Ustaliło ono pojedynki w ćwierćfinale i półfinale oraz potencjalnego gospodarza finału.
Finał Pucharu AFC 2012 poprowadził jeden z finalistów, który zakończył się remisem. Zgodnie z losowaniem 14 czerwca 2012 r. zwycięzca drugiego półfinału będzie gospodarzem finału. Dlatego Erbil był gospodarzem.