Projekt `` Żywe drzewo wszystkich gatunków '' - 'The All-Species Living Tree' Project
„ All-żyjących gatunków drzewa” Projekt jest wynikiem współpracy pomiędzy różnymi akademickich grup / instytutów, takich jak ARB , projekt bazy SILVA rRNA i LPSN , z myślą o montażu bazę 16S rRNA sekwencji wszystkich ważnie opublikowanych gatunków bakterii i Archaea . W pewnym momencie zebrano również sekwencje 23S , ale od tego czasu zostało to zatrzymane.
Obecnie w wyrównanym zbiorze danych znajduje się ponad 10 950 gatunków, a kilka kolejnych jest dodawanych w miarę odkrywania nowych gatunków lub sekwencjonowania gatunków, które nie są reprezentowane w bazie danych. Początkowo ta ostatnia grupa składała się z 7% gatunków.
Podobne (i nowsze) projekty obejmują Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA), która skupiała się na sekwencjonowaniu całego genomu bakterii i archeonów.
Drzewo
Drzewo zostało stworzone przez analizę maksymalnego prawdopodobieństwa bez ładowania początkowego: w rezultacie dokładność jest zamieniana na rozmiar, a wiele kladów na poziomie gromady nie jest poprawnie rozstrzyganych (takich jak Firmicutes). (Eukarionty nieobecne w analizie). To drzewo filogenetyczne oparte na 16S rRNA jest oparte na wydaniu ARB-SILVA LTPs 121 (czerwiec 2015) i zawiera wszystkie gatunki o ważnie opublikowanych nazwach do grudnia 2014 r.
| Domena Archaea |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bakterie domenowe |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||